Flatpaki arendus on aastaid olnud vaikne, kuid praegu käivad arutelud järgmise põlvkonna versiooni üle, mida nimetatakse esialgu Flatpak-NG-ks. See võib saada Flatpak 2 aluseks. Möödunud kuul Berliinis toimunud Linux App Summitil tutvustatud ideede kohaselt antaks suur osa Flatpaki isolatsioonifunktsioonidest praeguselt bubblewrapi kihilt üle uuele systemdi komponendile, mida arendajad nimetavad praegu systemd-appd-ks. See lihtsustaks Flatpaki oluliselt ja võimaldaks põhjalikumat isolatsiooni, sealhulgas võrgukihi virtualiseerimist. Hinnaks oleks aga Flatpak 2 sõltuvus systemdist. Arendaja Jorge Castro kinnitas seda hiljem Fediverse’i lõimes. Teiste init-süsteemide arendajad võiksid kirjutada systemd-appd-le alternatiivi, kuid see nõuaks märkimisväärset tööd. MX Linuxi tööriist init-diversity toetab kuut alternatiivset init-süsteemi, kuid nende koostöö systemdile alternatiivi loomiseks on olnud minimaalne. Flatpak on laialdaselt kasutusel ning ainus levinud alternatiiv Canonicali Snapile. Snap on tehniliselt lihtsam ja täielikult avatud lähtekoodiga peale Snap Store’i veebisaidi. Kui Flatpak 2 saabub paari aasta pärast ja nõuab systemdi, jääb systemdi vastastel valida vaid Snapi või väiksemate alternatiivide nagu AppImage vahel.
