RB Rail on võrrelnud Rail Baltica põhiliini ehituse kilomeetrihindu Lätis, Leedus ja Eestis ning leidnud, et Läti lõik on märkimisväärselt kallim. Misa–Läti/Leedu piiri lõigul (DS4) maksab kilometer Lätis ligikaudu 16,3 miljonit eurot — see on 2,3 korda kõrgem kui normaliseeritud näitaja Eestis ja umbes 66% kõrgem kui Leedus. RB Rail juhi Paegeli sõnul on kruusa, pinnase ja teiste alusmaterjalide ühikuhinnad lepingus ebanormaalselt kõrged ning riik ei saa seda endale lubada. Lahendusena näeb ta kahte võimalust: esiteks lõunapoolse lõigu uus projekteerimine, mis võtaks kaks aastat ja maksaks ligikaudu 8 miljonit eurot, kuid võiks säästa 100–200 miljonit eurot. Siiski ei garanteeri uus hange madalamaid hindu inflatsiooni tõttu. Teiseks võimaluseks on läbirääkimised peatöövõtjaga “E.R.B. Rail JV”, et leppida kokku mõistlikus ühikuhindade vähendamises. Transpordiministeeriumi aruande kohaselt on Lätil põhiliini ehituseks 603 miljonit eurot ning praeguse rahastusega on võimalik ehitada 52,66 kilomeetrit põhiliini valli hinnaga ligikaudu 11,45 miljonit eurot kilomeetri kohta.
